西田幾多郎記念哲学館調査研究棟は2002年に開設された本館研究部門をより充実させ、膨大な資料を整理・分析するため本館に併設し建設された。学芸員の方々が研究に専念できる様、本館とは別棟とし、恒温恒湿空調を備えた専用の収蔵庫を設けている。また年々増えていく蔵書を収納するための可動書架スペースを備え、平屋ながら約1万冊の蔵書の保管を可能としている。外観は本館に合わせた鋼板リン酸処理パネルを採用し哲学館が持つ重厚なイメージを踏襲している。